在實際操作中，偏正顯微鏡上下偏振鏡的振動方向要互相正交，或東西和南北方向，各自與目鏡十字絲的橫、縱方向一致。有時只用一個下偏振鏡來觀測，必須確定下偏振鏡的振動方向，因此操作時必須對偏振鏡進行校正。
1.目鏡十字絲的檢測
一般要檢查目鏡十字絲是否正交，以及是否與上下偏振鏡振動方向一致，同時選一塊解理和清晰的黑云母，移至目鏡十字絲的中心，將解理縫平行于十字絲的一根絲，記下載物臺的刻度數，再轉動載物臺使解理縫平行于另一十字絲，記下載物臺的刻度數，兩個刻度數之差為90°，說明十字絲正交。
2.下偏振鏡振動方向的確定和校正
一般用黑云母來檢查下偏振鏡的振動方向，這是因為黑云母是一種分布廣泛的透明礦物，在單偏光下很有特征：首先找一塊解理和清晰的黑云母，移至目鏡十字絲中心，推出上偏光鏡，轉動載物臺一周，觀察黑云母顏色的變化，因為黑云母對解理方向的振動光吸收*，所以使黑云母顏色達到最深時，解理縫的方向就是下偏光鏡的振動方向。
3.上下偏振鏡正交的校正
下偏振鏡的方向校正好之后，取下薄片，推入上偏振鏡，觀察視域是否處于消光狀態，如果全黑，則表明上下偏光的振動方向互相正交，否則，上偏振鏡須進行校正，即轉動上偏振鏡，使視域達到最暗為止。轉動時必須先松開上偏振鏡的止動螺絲，校正好后再擰緊。
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